Algunos estudiosos han apuntado la posibilidad de que el topónimo Agaete proceda de la lengua que hablaban los habitantes prehispánicos de la isla de Gran Canaria. Así, D. J. Wölfel en Monumentae linguae canariae señala que en Agaete nos encontramos con una construcción formada por la suma de un artículo determinado prehispánico /a/ más la forma /gaete/, de la que dice no poder aportar nada seguro (§ 162).

No obstante, la terminación -ete de este topónimo, sufijo muy frecuente en otros nombres de lugar de las Islas, podría hacer pensar que se trata de una palabra procedente de la voz española laguete, diminutivo de lago. A partir de laguete, la evolución fonética habría conducido a la forma actual del topónimo.

Además, apoyaría esta hipótesis la presencia de variantes como lagaete o el lagaete en testimonios escritos muy tempranos (por ejemplo, en la obra de Abreu Galindo, de finales del siglo XVI).